Week 25 20.06.2022 - 24.06.2022

To-do

In silico

Margherita Project

• Find overlaps iClip and rMATS
  • Re-analysis of the rMATS data
• find BAM files
• Gene expression PCA on Molm14
• DEG on Molm14 / sh 1

I. Gene regulatory network

• Travailler sur les algorithmes de gene regulatory network
  • Retrouver le papier réunissant différents algo de GRN
  • En installer et tester 1 ou 2

III. Réseau réactions métaboliques

• Reconstruct Metabolic network
• Redo Metabolic reaction analysis

Presentation

• Faire le poster pour JOBIM pour le 22.06
  • Faire un plan du poster
  • Faire les réseaux / Multiplex

In vitro

• [1/3] Passage + traitement

Mai/juin 2022

• Définir les expérimentations in vitro futures (ATACseq, protéomique, CYTOF avec des lignées IDH +/- mIDHi)
• Faire le résumé des résultats in silico (network etc.)
• Identifier tous les IDH mutants avec les kmer dans beataml, Verhaak, TCGA : approches nathaniel et GSEA sur les stem cells ?

In biblio

• Lire le papier sur les différents algo de GRN
• Regarder la conf de Andrea Reu

IN PROGRESS

• Make Adjacency matrices
  • Metabolic reaction layer
  • Gene reaction layer
  • PPI layer
  • Chromatin contact layer
  • GRN layer
• Make the 7 adjacency matrix of the coupling layers
  • [0/7]
• Making a supra-adjacency matrix for the multilayer

Layer A	Layer B	Layer C	Layer D	Layer E
Chromatin contact				X
	Gene regulatory network			X
		PPI		X
			Gene - reaction
x	x	x		Metabolic network

DONE

• Reconstruct Metabolic network
• Redo Metabolic reaction analysis
• Importation et mise en forme cytoscape des réseaux métaboliques
• Analyses des nouveaux résultats rMATS (à repousser pour faire le poster)
• Début de poster
  • Sommaire
  • Introduction
  • Materials and Methods *