Week 24 13.06.2022 - 17.06.2022

To-do

In silico

Margherita Project

• Find overlaps iClip and rMATS
• Re-run rMATS pipeline
• find BAM files
• Gene expression PCA on Molm14
• DEG on Molm14 / sh 1

I. Gene regulatory network

• Travailler sur les algorithmes de gene regulatory network
  • Retrouver le papier réunissant différents algo de GRN
  • En installer et tester 1 ou 2

III. Réseau réactions métaboliques

• Reconstruct Metabolic network
• Redo Metabolic reaction analysis

In vitro

• [1/3] Passage
• ATAC-seq experiment second test observation

Mai/juin 2022

• Définir les expérimentations in vitro futures (ATACseq, protéomique, CYTOF avec des lignées IDH +/- mIDHi)
• Faire le résumé des résultats in silico (network etc.)
• Identifier tous les IDH mutants avec les kmer dans beataml, Verhaak, TCGA : approches nathaniel et GSEA sur les stem cells ?

In biblio

• Lire le papier sur les différents algo de GRN
• Regarder la conf de Andrea Reu