Week 23 07/06/2022 - 10/06/2022

To-do

In silico

Margherita Project

• Look at Manuel DIAZ-MUNOZ mail
• Find overlaps iClip and rMATS
• find BAM files

I. Gene regulatory network

• Travailler sur les algorithmes de gene regulatory network
  • Retrouver le papier réunissant différents algo de GRN
  • En installer et tester 1 ou 2

III. Réseau réactions métaboliques

• Reconstruct Metabolic network
• Redo Metabolic reaction analysis

In vitro

• Passage

Mai/juin 2022

• Définir les expérimentations in vitro futures (ATACseq, protéomique, CYTOF avec des lignées IDH +/- mIDHi)
• Faire le résumé des résultats in silico (network etc.)

In biblio

• Lire le papier sur les différents algo de GRN
• Regarder la conf de Andrea Reu

Réflexions

• Convertir les gènes ENSEMBL Human-GEM -> Hgcn gene names
• Faire un réseau en connectant les réactions via leurs métabolites communs
• [!x] Ou faire un réseau en utilisant CopraPy

In Progress

• FlankingXlinks2AS.rmd

• Compass Meeting
• Planifier la semaine
• Mails
• Look at Human GEM
• L1/L2 Nettoyage
• Look at Manuel DIAZ-MUNOZ mail
• Look at Human GEM
• Meeting RNAseq Margherita
• Lire le papier sur les différents algo de GRN
• Tester algo GRN
• Look at CobraPy
• Work on iClip project