Short term plan

Lab info park

• Faire le tour des besoins en matériels info
• Faire un overview des capacité de chaque PC

Margherita Project

• Make introns Genomic Ranges
• Overlap iCLIP w/ introns & exons
• Overlap iCLIP w/ AS

Mai/juin 2022

• Définir les expérimentations in vitro futures (ATACseq, protéomique, CYTOF avec des lignées IDH +/- mIDHi)
• Identifier tous les IDH mutants avec les kmer dans beataml, Verhaak, TCGA : approches nathaniel et GSEA sur les stem cells ?

In biblio

• Lire le papier sur les différents algo de GRN
• Regarder la conf de Andrea Reu
• Journal Club
• Group Meeting

Thesis project

• Algo GRN
• Biblio Multiplex

Gene regulatory network

• Travailler sur les algorithmes de gene regulatory network
  • Retrouver le papier réunissant différents algo de GRN
  • En installer et tester 1 ou 2

Multilayer network

• Reduce adjacency matrices
  • Pchic network (remove Other ends fragments) -> from P - OE - P to -> P - P
• Make the 7 adjacency matrix of the coupling layers
  • [0/7]
• Making a supra-adjacency matrix for the multilayer

Layer A	Layer B	Layer C	Layer D	Layer E
Chromatin contact				X
	Gene regulatory network			X
		PPI		X
			Gene - reaction
x	x	x		Metabolic network

To-Do

• Continue Journal Club

DONE