Alexis Hucteau PhD project

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IDH1 - basal Fer et PTBP1

*From mail, Estelle & JE 08.06.22* J'ai fait des blots basal des clones HL60-IDH1. De façon surprenante j'ai eu du mal a détecter certaines protéines qui d'habitude sont top (à confirmer si c'est lié aux modèles). Le loading n'est pas parfait et je suis en train de tester d'autres prot de loading. De plus tout n'est pas beau car j'ai eu un petit soucis de caméra en révélant mais je trouve certaines choses plutôt sympa: Sur les expressions protéiques qui semblent différentes entre IDH1 wt et mutants: - Ferritine mitochondriale (FTMT) et mitoferrin 1 (MTFN1) semblent augmenter dans les mutant comparé aux wt = augmentation du fer mito. - ALAS2: diminue dans les mutants, ALAS1 très faible? - FECH augmente dans les mutants - ISCU (attention très très faible!) et FXN diminuent -> altération de la synthése des FE-S? ACO activity à tester Il y a des protéines que je n'ai pas réussi à sortir (FPN, ALAS1, IDH1R132H). j'essaierai dans la semaine prochaine de loader davantage de protéines et referai ISCU dessus. Ces données restent à confirmer sur de nouveaux culots (que je n'ai pas) mais semblent plutôt encourageants! Je dirai qu'il pourrait y avoir un défaut de synthèse des Fe-S qui entraine une augmentation du fer mitochondrial dans les mutants IDH1. Cependant cela ne colle pas trop avec l'augmentation d'OxPHOS sauf si la diminution de FXN est liée à sa dégradation et que la cellule peut permettre une utilisation du Fe-S libéré ou encore si MitoNEET donne son Fe-S. Margaux! Pour PTBP1, les mutants semblent l'exprimer moins que les IDH1wt.

IDH1 wt vs IDHm WB:

*From mail, Estelle & JE 10.06.22* Dans les datas transcripto générées par Héléna sur ces modèles, les ARN de ces protéines ne sont pas dans les transcrits up ou down régulés (liste du JExpMed). Après sur le fer il y a beaucoup de régulation traductionnelle. Dans ces analyses transcripto sur les clones, il y a TFR2 (transferrin récepteur autre que CD71) qui est présent. Cet isoforme contrairement à CD71 (Tfr1) n'est pas régulé par les IRP, il a moins d'affinité pour le fer que son homologue et l'EPO permet sa stabilité à la membrane. Au final ELT est un analogue du récepteur à la TPO... Faudra que je regarde AraC en combo avec ironomycin peut être que du coup ça ne synergysera pas si la signalisation TPO est importante pour la sensibilité de ces modèles.

Transcripto:

  1. Ferritine mitochondriale ↩

  2. mitoferrin 1 ↩

  3. aminolevulinic acid synthase 2 ↩

  4. ↩

  5. Iron-sulfur cluster assembly enzyme ↩

  6. Frataxin ↩

  7. aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase ↩

  8. transferrin receptor 2 ↩