Régulation de l’expression génique par le facteur de transcription SPI1/PU.1 dans l’érythroleucémie : mécanismes de répression des gènes par sa liaison à l’ADN, conséquences de sa liaison à l’ARN

Lelia Polit

Table des matières

  1. Introduction
  2. La régulation de l’expression génique 1. La transcription et ses acteurs 2. La chromatine : organisation fonctionnelle du génome 3. La chromatine : régulation de l’activité transcriptionnelle
  3. Le facteur de transcription SPI1, un acteur majeur de l’hématopoïèse 1. L’hématopoïèse 2. La famille ETS 3. SPI1/PU.1 : structure, expression, régulation dans l’hématopoïèse 4. SPI1 : oncogène et oncosuppresseur dans les lignées hématopoïétiques 5. SPI1 et érythroleucémie 6. SPI1 : un régulateur transcriptionnel
  4. Le séquençage nouvelle génération au service de la génomique 1. Quelques notions d’histoire 2. Le séquençage à haut débit 3. L’analyse du séquençage à haut débit 4. Cartographie des sites des interactions ADN-protéines : ChIP-seq 5. Cartographie des sites des interactions ARN-protéines : CLIP-seq 6. Cartographie des sites d’accessibilité de la chromatine : ATAC-seq
  5. Objectifs de la thèse

Introduction

La régulation de l’expression génique

La transcription et ses acteurs

Basique : Neurones, erythrocyte et hépatocyte -> même ADN pourtant diff.
–> programme d’exp génétique diff : Synthèse d’ARN –> Assemblage de prots

Les éléments régulateurs de la transcription

Initiation de la transcription = association de prot régulatrices : Tfs

Regu_transcription

Facteurs généraux TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIH = pré-initiation sur le promoteur.
Promoteur basal = TSS + régions immédiatement en amont et en aval.
Promoteur proximal = régions en amont plus éloignées du TSS. (juste avant le début d’un gène)??

Promoteur basal = TATA-box reconnu par TFIID + recrutement RNAPolII.
Promoteur proximal = CAAT-box et ilots CG

Initiation de la transcription assurée par TFs -> Reconnaissance de séquences spécifiques
Sur région cis-régulatrice distale (enhancer) ou promoteur.

Enhancer = Région pouvant moduler l’exp de gène positionnée en 5’ ou 3’ du TSS jusqu’à 1.7M bases du TSS.

Boucle enhancer - promoter <- Cohésine et CTCF